刑事司法協助的主體應當是我國的司法機關與外國的司法機關,具體包括:
(一)我國的人民法院和外國法院;
(二)我國人民檢察院和外國檢察機關;
(三)我國公安機關和外國警察機關;
(四)司法行政機關(僅作為司法協助的聯系機構,不負責具體的協助內容)。
這里的司法機關是廣義的,包括雙方的法院和檢察機關。我國公安機關與外國警察機關的協作通常通過國際刑警組織進行,但我國公安機關與外國警察機關也有直接的協助關系。司法部司法協助局作為我國對外進行司法協助的中央機關,負責對外聯系。除條約有特別規定外,我國的外交部是指定的進行引渡的聯系機關。