按照《國家賠償法》，國家賠償程序，總的原則是賠償請求人應當首先向賠償義務機關申請賠償。由于我國實行侵權行為機關與賠償義務機關一致的原則，也就是賠償請求人應先向侵權機關申請賠償。實行首先向賠償義務機關申請賠償原則，其目的在于簡化程序，方便受害人，有利于及時得到賠償。先向賠償義務機關申請賠償，通稱協(xié)商獨角獸司法考試網(wǎng)程序或協(xié)議程序，即由賠償義務機關與賠償請求人先行就有關賠償?shù)姆秶⒎绞胶徒痤~等事項進行自愿協(xié)商，從而達成賠償協(xié)議，解決賠償爭議。但是，實行這一原則有一例外，即賠償請求人提出行政賠償時，由于行政復議和行政訴訟的存在，賠償請求可能依附于行政復議和行政訴訟，賠償請求人可以在申請行政復議和提起行政訴訟時一并提出，而不必先向賠償義務機關申請賠償。
受害人向賠償義務機關申請賠償，賠償義務機關應在兩個月內(nèi)決定是否賠償。賠償義務機關逾期不予賠償或者賠償請求人對賠償數(shù)額有異議的，根據(jù)行政賠償、刑事賠償?shù)牟煌闆r，國家賠償法規(guī)定了不同的程序。屬于行政賠償?shù)模梢韵蛉嗣穹ㄔ禾崞鹪V訟。屬于刑事賠償?shù)模r償義務機關是人民法院的，賠償請求人可以直接向其上一級人民法院賠償委員會申請賠償；賠償義務機關是人民法院以外的公安、安全、檢察機關的，賠償請求人需要先向賠償義務機關的上一級機關申請復議，賠償請求人不服復議決定或復議機關逾期不作決定的。再向復議機關所在地的同級人民法院的賠償委員會申請賠償。
在國家賠償程序中，行政賠償與刑事賠償另一個重大區(qū)別是在審理機構方面，行政賠償適用行政訴訟法的行政訴訟程序，由人民法院的行政審判庭審理；刑事賠償則是由人民法院特別設立的賠償委員會審理。按照國家賠償法規(guī)定：“中級以上的人民法院設立賠償委員會，由人民法院三名至七名審判員組成。”這是因為刑事賠償涉及的國家機關較為復雜，其中，既有主持賠償爭議解決的人民法院，也有對法律實施進行監(jiān)督的人民檢察院。人民法院既是賠獨角獸司法考試網(wǎng)Q1973506327償義務機關，又是主持解決賠償爭議，決定是否賠償?shù)臋C關。盡管主持解決賠償爭議的人民法院和履行賠償義務的人民法院并非同一個人民法院，但他們畢竟同在人民法院系統(tǒng)，這似乎有悖于“任何人不得為自己案件的法官”這古老的公正法則。同時，人民檢察院本是對法院審判活動實行監(jiān)督的機關，而在刑事賠償中。人民檢察院則要作為當事人接受人民法院的審判。這些特殊情況決定了刑事賠償不能作為一般的案件對待，由人民法院既設的任何一個審理機構處理。因而，國家賠償法確定了刑事賠償由人民法院特設的賠償委員會來處理。
